Stereo mikroskopining ishlash printsipi ikkita mustaqil optik yo'l orqali uch o'lchovli kuzatuv usulini taqdim etadigan delokeo ko'rishga asoslangan.
Stereo mikroskopining yadrosi, odatda umumiy maqsadli ob'ektiv ob'ektiv tarkibida optik tuzilma dizaynida yotadi. Tasavvur qilganidan keyin ikkita yorug'lik nuri oraliq ob'ektiv linzalar bilan ajratilgan (shuningdek, zoom linzalari guruhlari deb nomlanadi) va keyin bir burchakni (odatda 12 dan 15 daraja) shakllantiradi. Ushbu dizayn chap ko'z va o'ng ko'zni bir oz boshqacha ko'radigan rasmlarni va miya bu tasvirlarni ob'ektning uch o'lchovli tuyg'usini qayta qurishga undaydi.
